Los agricultores que buscan adoptar prácticas agroecológicas enfrentan diversos desafíos, entre ellos la falta de conocimiento y capacitación. Muchos productores desconocen estas técnicas o no tienen acceso a formación adecuada para implementarlas de manera efectiva. Además, la inversión inicial para la transición a un sistema agroecológico puede ser alta, lo que representa una barrera para aquellos con recursos limitados. Otro obstáculo importante es la resistencia al cambio, ya que algunos agricultores temen que la producción disminuye en comparación con la agricultura convencional. Asimismo, el acceso a mercados es un reto, ya que los productos agroecológicos pueden enfrentar dificultades para competir con los de la agricultura industrial, que suelen tener costos de producción más bajos. Por último, la falta de apoyo gubernamental y políticas públicas que fomentan la agroecología dificulta aún más su implementación.
En el ámbito económico, la agroecología puede ser una alternativa más rentable a largo plazo. Aunque la transición inicial puede implicar costos, los agricultores reducen su dependencia de insumos externos costosos, como fertilizantes y pesticidas sintéticos. Además, al fortalecer las economías locales mediante la producción y el consumo de alimentos de proximidad, se generan oportunidades de empleo y desarrollo.