Una de las fallas de la cooperación en el Ecuador sería que existe un bajo nivel de participación ciudadana en la mayoría de los proyectos de cooperación que se diseñan sin realizar una adecuada consulta sobre las necesidades reales y objetivos comunes a alcanzar por las comunidades beneficiarias, reduciendo su impacto y aceptación, esto gracias a la burocracia, la debilidad institucional y la falta de coordinación entre instituciones y grupos de las zonas rurales, provocando que muchas veces los recursos destinados a los proyectos se destinen a fines políticos o privados.