Aunque el Cooperativismo, Asociativismo y la EPS, es un motor principal para el desarrollo local y territorial, y cuentan con un marco institucional que lo apoya, me parece adecuado mencionar las dificultades que sufren, ya que muchas cooperativas tienen desafíos como; una limitada educación cooperativa y asociativa, baja participicación de sus socios o falta de asistencia técnica para proyectos grandes en sus territorios, lo que lleva a que muchas de estas se alejen de los principios cooperativos y prefieran o empiecen a funcionar con la logica de empresas privadas, por lo que se debe estar fortaleciendo constantemente los principios de Cooperativismo y Asociatividad.