La transición hacia la agroecología enfrenta varios desafíos, especialmente para los agricultores acostumbrados a la agricultura convencional. La resistencia al cambio es uno de los principales obstáculos, ya que muchos temen que las nuevas prácticas no sean rentables o no ofrezcan resultados inmediatos. Para superar esto, es esencial proporcionar educación y capacitación a través de talleres, demostraciones y ejemplos exitosos, además de contar con el apoyo de organizaciones locales o gobiernos que ofrezcan incentivos. La falta de acceso a recursos y conocimientos también es un desafío, pero se puede resolver facilitando el acceso a redes de agricultores, cooperativas y centros de investigación, además de fomentar el intercambio de conocimientos entre agricultores y expertos. Los costos iniciales elevados asociados con la compra de insumos orgánicos y la capacitación pueden ser mitigados mediante subsidios, programas de financiamiento o microcréditos. También es clave adoptar una planificación gradual de las prácticas agroecológicas. Finalmente, los problemas de rendimiento y adaptación pueden ser abordados mediante la monitorización continua, la prueba de nuevas variedades de cultivos y la rotación de cultivos, además de promover la paciencia, ya que los beneficios de la agroecología son sostenibles a largo plazo, aunque no inmediatos.
